نخستین موضوعی که در دستور کار اجلاسیه فوق‌العاده مجلس خبرگان قرار گرفت، بررسی مسأله استعفای آیت‌الله منتظری از سمت قائم‌مقامی بود. هرچند در این باره امام خمینی پیش از وفات نظر قطعی خود را اعلام کرده بودند و دیدگاه ایشان برای اعضای خبرگان محترم و معتبر بود، اما در هر صورت این مسأله باید از طریق رسمی خود انجام می‌پذیرفت تا به موضوع استعفای آیت‌الله منتظری رسمیت داده می‌شد. اگر خبرگان این مسأله را حل و فصل نمی‌کردند، ممکن بود بعدها از سوی افرادی شبهه‌پراکنی شود که خبرگانی که وی را به قائم‌مقامی رهبری برگزید، انتخاب خود را ملغی و باطل اعلام نکرده بود. این موضوع به بحث گذاشته شد و اکثریت قریب به اتفاق اعضای حاضر در جلسه، استعفای قائم ‌مقام رهبری را که طی نامه‌ای مورخ 7/1/68 به حضرت امام اعلام شده بود، پذیرفتند    .

موضوع دومی که در جلسه مطرح شد، قرائت نامه امام خمینی به آیت‌الله مشکینی درخصوص شرط مرجعیت رهبر بود. نامه امام خمینی که به تاریخ 9 اردیبهشت 1368 و حدود یک ماه قبل از وفات ایشان تنظیم شده بود، به شرح زیر است: «حضرت حجت‌الاسلام والمسلمین جناب آقای حاج شیخ علی مشکینی دامت افاضاته.

پس از عرض سلام، خواسته بودید نظرم را در مورد متمم قانون اساسی بیان کنم. هرگونه آقایان صلاح دانستند عمل کنند. من دخالتی نمی‏کنم. فقط در مورد رهبری، ما که نمی‏توانیم نظام اسلامی‏مان را بدون سرپرست رها کنیم. باید فردی را انتخاب کنیم که از حیثیت اسلامی‏مان در جهان سیاست و نیرنگ دفاع کند. من از ابتدا معتقد بودم و اصرار داشتم که شرط «مرجعیت» لازم نیست. مجتهد عادل مورد تأیید خبرگان محترم سراسر کشور کفایت می‏کند. اگر مردم به خبرگان رأی دادند تا مجتهد عادلی را برای رهبری حکومت‌شان تعیین کنند، وقتی آنها هم فردی را تعیین کردند تا رهبری را به عهده بگیرد، قهری او مورد قبول مردم است. در این صورت او ولیّ منتخب مردم می‏شود و حکمش نافذ است. در اصل قانون اساسی من این را می‏گفتم، ولی دوستان در شرط «مرجعیت» پافشاری کردند، من هم قبول کردم. من در آن هنگام می‏دانستم که این در آینده نه‌چندان دور قابل پیاده شدن نیست. توفیق آقایان را از درگاه خداوند متعال خواستارم.» (5)
بحث و بررسی پیرامون این موضوع با نطق موافقین و مخالفین ادامه یافت و سرانجام خبرگان تأیید کردند که شرط مرجعیت برای رهبری لازم نیست.

منبع:

5. صحیفه امام، جلد ‏21، ص 371